Σε αυτή την εξέταση ελέγχεται ο οισοφάγος, ο στόμαχος και το δωδεκαδακτυλο.
Με τη γαστροσκόπηση διερευνώνται με αξιόπιστο τρόπο συμπτώματα του ανώτερου πεπτικού, όπως καύσος, δυσπεψία, πόνος στο επιγάστριο κλπ. Η ενδοσκοπική εικόνα παρεχει την δυνατότητα ανεύρεσης των κατά περίπτωση αιτίων που προκαλούν τα συμπτώματα , ενώ ειδικότερα ο αναβαθμισμένος HD εξοπλισμός βοηθά στην ανάδειξη δυσδιάκριτων προκαρκινικών ή άλλης φύσης βλαβών.
Εαν κριθεί σκόπιμο, λαμβάνονται δείγματα (βιοψίες) για ιστολογική εξέταση. 

Σε αυτή την εξέταση διερευνώνται με αξιόπιστο τρόπο και προσδιορίζεται το αίτιο που συνεπάγεται αιμορραγία κατά την αφόδευση.
Η κολονοσκόπηση είναι, επίσης, πολύ σημαντική στην πρόληψη του καρκίνου του παχέος εντέρου. Σε ανθρώπους ηλικίας άνω των 50 χρόνων συνιστάται προληπτικός έλεγχος με κολονοσκόπηση. Άνθρωποι με οικογενειακό ιστορικό καρκίνου παχέος εντέρου ή πολυπόδων συχνά πρέπει να ξεκινούν τον προληπτικό έλεγχο νωρίτερα.
Επειδή ο καρκίνος του παχέος εντέρου αναπτύσσεται συνήθως από καλοήθεις πολύποδες, εάν κατά την κολονοσκόπηση βρεθούν πολύποδες είναι δυνατό να αφαιρεθούν στον ίδιο χρόνο μέσω του κολονοσκοπίου και να ανασταλεί η διαδικασία εξέλιξης σε καρκίνο.
Όταν κριθεί σκόπιμο (όπως και στη γαστροσκόπηση) , λαμβάνονται δείγματα (βιοψίες) για ιστολογική εξέταση. Ανάλογα δε με το αποτέλεσμα της βιοψίας συστήνεται το επόμενο χρονικό σημείο επανελέγχου  

Σε περιπτώσεις που έχει τεκμηριωθεί ότι αιμορραγία κατά την αφόδευση οφείλεται αποκλειστικά σε παθήσεις του πρωκτού , η ορθοσκόπηση επιτρέπει την εκτίμηση του προβλήματος ( σε ποιο βαθμό φλεγμαίνουν οι αιμορροϊδες , συνύπαρξη με ραγάδες κλπ ) .
Αρκετά συχνά είναι δυνατή η παρέμβαση στο προβλημα των αιμορροϊδων με διενέργεια απολίνωσης {τοποθέτηση ελαστικών δακτυλίων με στόχο την εξάλλειψή τους }